حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در حکمی حجت‌الاسلام و المسلمین آقای حاج سید علیرضا حائری را به مدیریت بنیاد دایرةالمعارف فقه اسلامی بر اساس مذهب اهل‌بیت علیهم‌السلام، منصوب کردند.
متن حکم رهبر انقلاب به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب مستطاب حجة‌الاسلام و المسلمین آقای حاج سید علیرضا حائری دام‌افضاله
یکی از موهبتها و الطاف الهی در دوران جمهوری اسلامی توفیق اقدام به تهیه‌ی دائرة‌المعارف فقه اسلامی براساس مذهب اهل‌بیت علیهم‌السلام است که حقاً پدیده‌ئی افتخار آفرین و ماندگار و راه‌گشا است. نقش اصلی و اساسی را در این اقدام بزرگ مرحوم آیةالله هاشمی شاهرودی رحمة‌الله‌علیه بر عهده گرفته و با همکاری گروهی از فضلای برجسته، بخش مهمی از این بنای فاخر را به سامان رساندند. اکنون پس از ارتحال آن عالم محقق، لازم است تلاش مبارک برای به انجام رساندن این کار بزرگ ادامه یابد. اینجانب پس از بررسی و مشورت و جستجوی لازم جناب مستطاب‌عالی را که بحمدالله دارای منزلت علمی و شایستگی وافر میباشید و سالها در تدوین آن اثر برجسته همکاری و مشارکت داشته‌اید برای این مسئولیت مهم برگزیدم و مدیریت بنیاد متصدی این کار را به شما میسپارم و امیدوارم با جدیت و تلاشی که به کار خواهید برد ادامه‌ی کار را با کیفیت و سرعت شایسته به سامان برسانید. توفیقات جنابعالی و دیگر دست‌اندرکاران را از خداوند متعال مسألت میکنم.
 
سیّدعلی خامنه‌ای   
۱۴ اردیبهشت ماه ۱۳۹۸